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文官集团的首次发难，被一场震撼的“显微镜实验”彻底击溃。方孝孺等人灰头土脸，短时间内再也无力从“道义”层面挑战林奇的权威和防疫新政。朱元璋借势强力推动，喝开水、讲卫生的风气以金陵为中心，迅速向周边州府扩散。
然而，帝国的隐患远不止于此。就在显微镜风波平息后不久，一份来自凤阳老家的八百里加急奏报，再次让朱元璋的脸色阴沉下来。
“痘疮（天花）？！”乾清宫内，朱元璋捏着奏报，手指因用力而微微发白。奏报上言，凤阳府下辖一县爆发痘疮，已蔓延数个村落，死者上百，民心惶惶，地方官请求朝廷支援医官和药材。
天花，这个盘旋在整个中世纪人类头顶的死亡阴影，同样是大明王朝挥之不去的噩梦。每次爆发，都意味着十不存一的恐怖死亡率以及大量的麻脸幸存者。即便是皇宫大内，对此也谈之色变，除了隔离和祈求上天，几乎别无他法。
朱元璋立刻召来了太医院院判和李太医等人商议。
李院判等人听闻是天花，也是面色发白，颤声回奏：“陛下，痘疮乃天行疠气，凶猛无比……唯有……唯有尽快封锁疫区，严禁人员进出，焚烧病死者衣物居所，再辅以清热败毒之汤药……能否活命，全看个人造化与天意了……”
又是这一套！隔离，用药，听天由命！
朱元璋烦躁地挥挥手，让这群束手无策的太医退下。他深知，这套办法效果有限，而且封锁疫区往往意味着……变相的放弃！这让他这个从底层爬上来的皇帝感到一阵无力和愤怒。
“蒋瓛，去请林先生来。”几乎是下意识的，朱元璋将希望寄托在了那个总能创造奇迹的年轻人身上。
林奇很快到来，看完了奏报，心中已然有数。天花，在这个时代确实是绝症，但对于来自现代的他来说，却有一件足以扭转乾坤的武器——疫苗！虽然他没有现代牛痘疫苗，但人痘接种法，在这个时代的中国并非毫无记载，只是极为原始、风险极高且秘而不传！
而这，正是他的机会！一个能拯救无数生命，更能将“预防医学”理念深深植入这个时代的机会！
“陛下，痘疮虽凶，却并非无解。”林奇开口，语惊四座。
朱元璋猛地抬头，眼中爆发出骇人的精光：“你有法子？！”
“确有一法，名为‘人痘接种术’。”林奇沉声道，“乃取痘疮痊愈者疮痂所制之‘痘苗’，接种于健康之人鼻内或皮肤之下，可引其发出轻微痘疮，之后便终身对此恶疾免疫，再不会感染！”
“接种？免疫？”朱元璋听得似懂非懂，但“终身免疫”四个字却如同惊雷在他脑中炸响！“此言当真？！果真能终身免疫？！”
“草民愿以性命担保！”林奇语气斩钉截铁，“此法在海外某些国度已沿用百年，成效卓着！然……”
他话锋一转：“然此法亦有风险。痘苗毒性强弱、接种者体质强弱，皆会影响结果。若操作不当或痘苗毒性过强，接种者亦可能因此重病甚至死亡。故需精益求精，筛选弱毒痘苗，规范操作，方可大幅降低风险，利远大于弊！”
风险与收益并存！朱元璋瞬间就明白了关键。与天花那恐怖的死亡率相比，这接种术哪怕有一两成的风险，也值得一试！尤其是对于皇室和军队这种需要保持人口稳定的群体而言，意义非凡！
“好！咱信你！”朱元璋一拍桌案，毫不迟疑，“需要什么？咱全力支持！”
“首先，需立刻派得力人手，前往疫区，寻找症状轻微、顺利痊愈的痘疮患者，取其疮痂，火速送回！此乃制作痘苗之源！”
“其次，需在京城外寻一僻静宽敞之处，设立‘种痘局’，专司此事。所有人员必须严格隔离，进出需用烈酒沐浴更衣，防止疫病扩散！”
“其三，请陛下下旨，招募自愿试种者……或许，可从死囚或家中已有感染风险者开始……”林奇提出了一个冷峻却现实的办法。
“准！全都准！”朱元璋雷厉风行，“蒋瓛，立刻派锦衣卫精干人手，八百里加急奔赴凤阳，按林先生的要求搜集痘苗！工部，立刻在京郊选址筹建种痘局！刑部，提供死囚名册！”
帝国的机器再次为林奇的想法高速运转起来。
消息传出，再次朝野哗然！
主动把痘疮的毒引入体内？！这林供奉是疯了不成？！这简直是找死！还要用死囚试种？有伤天和！
就连刚刚被压下去的方孝孺等人，也忍不住再次上书，言辞恳切（甚至悲愤）地劝谏皇帝切勿行此险着，称此乃“以毒攻毒，祸患无穷”，违背上天好生之德。
但这一次，朱元璋的态度异常坚决。显微镜带来的信任加成，以及天花本身的恐怖，让他选择了毫无保留地支持林奇。所有劝谏的奏疏，都被他留中不发，或者直接批个“知道了”便扔到一边。
十日后，第一批来自凤阳的痘痂被锦衣卫星夜兼程送回。林奇立刻投入工作，在临时划出的隔离区域内，带领着几名胆战心惊却被严格命令必须服从的太医，开始按照他记忆中的方法，研磨痘痂，混合微量樟脑冰片（起到一定的减毒和防腐作用），用高温蒸汽处理过的细棉签小心蘸取，制备成最初的“痘苗”。
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